聖イグナチオ教会は、１９３６年（昭和１１年）に「麹町教会」として設立された。しかし、１９４５年（昭和２０年）に戦争による空襲で全焼。 その後しばらくの間、上智大学の「クルトゥルハイム聖堂」を臨時の麹町教会として使用していた。１９４７年（昭和２２年）に麹町教会の運営は、イエズス会に委託され、教会の名前も「聖イグナチオ教会」となった。
１９４９年（昭和２４年）４月１７日の復活の大祝日に木造の大聖堂が完成した。当時は建設資材が不足していたので、鉄筋コンクリート製にはできず、大型建築物にもかかわらず木造モルタル製となった。長い間、木造の旧聖堂が親しまれてきたが、建物の老朽化により、１９９８（平成１０）年１月１１日に旧聖堂は役目を終えた。
同年１月１０日と１１日のミサで遷堂式が行われ、旧聖堂から新聖堂へ、聖堂としての機能が移された。新聖堂は現代的な円形の建物だが、聖堂の壁には１２枚のステンドグラスが施され、光に満たされた美しい建物になっている。設計は坂倉建築研究所。

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